O Cert One possui três versões:
Desktop Full: Aplicativo cuja licenca deve ser instalada no Windows e que possui as seguintes funções: 
- Assinar documentos eletronicamente usando a chave privada do usuário (usando eTokens ou Smartcards); 
- Verificar assinatura eletrônica em documentos; 
- Abrir documentos assinados eletronicamente; 
- Verificar a integridade do arquivo do documento assinado eletronicamente; 
- Verificar a validade de emissão do certificado de quem assinou eletronicamente um documento; 
- Verificar se o certificado de quem assinou eletronicamente um documento está na lista de certificados revogados; 
- Criptografar documentos usando a chave privada e pública de usuários certificados; 
- Decriptografar documentos usando a chave privada de usuários certificados. 

Desktop Básico:
Aplicativo cuja licença deve ser instalada no Windows e que possui as seguintes funções: 
- Verificar assinatura eletrônica em documentos; 
- Abrir documentos assinados eletronicamente; 
- Verificar a integridade do arquivo do documento assinado eletronicamente; 
- Verificar a validade de emissão do certificado de quem assinou eletronicamente um documento; 
- Verificar se o certificado de quem assinou eletronicamente um documento está na lista de certificados revogados. 

Versão Web:
versão do Cert One desenvolvido para internet, onde o usuário cadastrado poderá de qualquer computador realizar as seguintes operações: 
- Assinar documentos eletronicamente usando a chave privada do usuário (*); 
- Verificar assinatura eletrônica em documentos; 
- Abrir documentos assinados eletronicamente; 
- Verificar a integridade do arquivo do documento assinado eletronicamente; 
- Verificar a validade de emissão do certificado de quem assinou eletronicamente um documento; 
- Verificar se o certificado de quem assinou eletronicamente um documento está na lista de certificados revogados; 
- Criptografar documentos usando a chave privada e pública de usuários certificados (*); 
- Decriptografar documentos usando a chave privada de usuários certificados(*); 
- Downloads; 
- Links. 

(*) Dependendo do perfil do usuário.