O Novo Codigo Civil não estabelece prazos para guarda dos documentos.  Estabelece prazos prescricionais que podem variar de 2 a 5 anos ou mais, dependendo de algumas circustâncias referidas a seguir.
 

MANIFESTAÇÃO DO DEPARTAMENTO JURÍDICO NO CRO/RS SOBRE O TEMPO RECOMENDADO PARA A GUARDA DE DOCUMENTOS DA ODONTOLOGIA.

Em que pese a Legislação estabelecer prazos prescricionais para o ajuizamento das mais variadas demandas, entendo que os documentos devem ser guardados por prazo indeterminado pois existem circunstâncias que suspendem e interrompem o curso do prazo prescricional, assim como circunstâncias em que o prazo sequer se inicia.

Exemplificando:

O profissional atende uma menor com 12 anos de idade. Contra o menor não se inicia a contagem do prazo prescricional. Assim, a partir dos 18 anos terá ele o direito de ajuizar demanda indenizatória por eventual erro, até o prazo de prescrição, que no caso é de cinco anos.
Portanto é temerário dizer por quanto tempo os documentos podem ser guardados, pois a situação relatada que a princípio seria de cinco anos se transformou em 11 anos.

Outro exemplo comum é o ajuizamento de ação dentro do prazo prescricional de 05 (cinco) anos, entretanto o réu, seja por mudança de endereço ou por outro motivo demore a ser localizado, vindo a ser citado após da data do ajuizamento, que é um marco suspensivo da contagem do prazo.
Nesse caso, poderá o prazo se estender, ou seja não há uma fórmula certa para afirmarmos o tempo exato que os documentos devam permanecer guardados em face dessas intercorrências, sendo oportuno manter-se o arquivo atualizado para evitar problemas.

Essa atualização pode ser digital, devidamente autenticada

Ricardo Martins Limongi

CFO, através da Comissão Especial ( Portaria CFO-SEC-26 )  publicou em 2004, o primoroso trabalho:  PRONTUÁRIO ODONTOLÓGICO -  Uma orientação para o cumprimento da exigência contida no inciso VIII do art. 5 do Código de Ética Odontológico, onde reconhece que não existem mais impedimentos legais para que sejam usados os meios eletrônicos desde que sejam autenticados com o Certificado Digital, padrão ICP-Brasil. Trabalho na íntegra em:
http://www.cfo.org.br/download/prontuario_2004.pdf

O CRM, manifestou-se em resolução Resolução CFM nº 1.639/2002 - 10 julho 2002,
na qual, no artigo 2,  recomenda que o armazenamento de documentos eletrônicos seja permanente, devido aos fins cientíricos.
No argio 4, recomenda que aqueles que optarem por suporte papel deverão guardá-los por 20 anos.